In De rat van Amsterdam vertelt de 42-jarige Ruben Katz vanuit een Nederlandse gevangeniscel over zijn leven. Met vervalste Joodse identiteitspapieren wil het gezin Katz in 1990 de hoofdstad van de Sovjetrepubliek Letland verruilen voor Tel Aviv, maar blijft uiteindelijk hangen in Amsterdam.
Terwijl moeder het verdriet om hun in Riga begraven dochter Liza nauwelijks te boven komt en steeds verder wegkwijnt, proberen vader en zoon Katz ieder op hun eigen manier zo snel mogelijk te integreren. Vader Katz begint een instituut voor Duitse taal- en letterkunde, terwijl Ruben Katz na zijn rechtenstudie voor de Nationale Armenloterij gaat werken, een filantropisch rattenbolwerk.
Zijn obsessie voor Phaedra, een borderline-achtig meisje en dochter van de puissant rijke loterijbaas, voert Ruben Katz uiteindelijk naar het moderne Rusland, waar hij lid wordt van het 'Siberisch Front', een schimmige organisatie van Europeanen die Moskou verkiezen boven Brussel.