Någonstans mellan liv och död finns ett bibliotek. När Nora Seed hamnar i Midnattsbiblioteket får hon en ny chans att göra om saker i sitt liv. Ett liv som hittills varit fyllt av besvikelser. Det känns som om Nora har svikit alla i sin närhet, inklusive sig själv. Men nu ska det bli ändring på det.

Böckerna i Midnattsbiblioteket får Nora att leva om sitt liv. Med lite hjälp från en gammal vän kan hon ta bort alla händelser hon ångrat i jakten på sitt perfekta liv. Men det blir inte alltid som hon drömt om utan hennes val försätter henne, och själva Midnattsbiblioteket, i fara. Innan tiden rinner ut för Nora måste hon hitta svaret på frågan: Vilket är det bästa sättet att få ett lyckligt liv?