Den unge Elizabeth tilbringer i 1958 en uforglemmelig sommer hos en velhavende familie. Da Elizabeth dør fyrre år senere, dukker en fremmed kvinde op hos Elizabeths datter Addie og hævder, at de er tvillingesøstre. Addie tror ikke på kvinden, men sammen går de alligevel i gang med at undersøge fortiden, og det viser sig, at Elizabeth gemte på mørke hemmeligheder.
Min mors hemmeligheder er et gribende familiedrama om en stormende forelskelse og en ung kvindes ret til at vælge sit eget liv.